Le 24 avril 1984, un groupe d'anciens résistants néerlandais tint sa première réunion pour fonder une association dont le but était "la création et la gestion d'un musée dédié à la résistance contre le national-socialisme et le fascisme".
Il n'y avait pas d'argent, pas de local, pas de collection. Un an et demi plus tard, le 19 novembre 1985, le musée ouvrit dans l'ancienne synagogue de la Lekstraat à Amsterdam-Zuid, grâce à l'énergie et aux réseaux de ces retraités qui voulaient transmettre leur mémoire avant qu'il ne soit trop tard.
Le succès fut immédiat auprès des groupes scolaires et des touristes étrangers. Mais le bâtiment s'avéra rapidement inadapté. En 1997, le musée acheta le Bâtiment Plancius, dans le quartier Plantage, et le rénova pendant deux ans.
Ce bâtiment avait été construit entre 1874 et 1876 pour la société chorale juive "Oefening Baart Kunst". Il avait successivement servi de temple musical, de centre culturel et de synagogue pour les fêtes juives, avant de devenir une remise de taxis puis une écurie sous l'occupation allemande.
Détail poignant : en 1914, il avait été racheté par Jacques Pimentel, frère d'Henriette Pimentel, célèbre pour avoir sauvé des enfants juifs de la crèche face à la Hollandsche Schouwburg pendant la guerre.
Le 29 avril 1999, le musée rénové ouvrit dans le Bâtiment Plancius, faisant passer le nombre de visiteurs annuels de 15 000 à plus de 50 000 en quelques années.
En octobre 2013, le Verzetsmuseum Junior fut inauguré, premier musée néerlandais de la Seconde Guerre mondiale entièrement conçu pour les enfants.
En 2022, l'exposition permanente fut entièrement rénovée, intégrant de nouvelles technologies multimédias et un regard enrichi sur le rôle des colonies néerlandaises pendant la guerre.