Le Hortus Botanicus est l'un des plus anciens jardins botaniques du monde encore en activité.
Fondé en 1638 par le conseil municipal d'Amsterdam sous le nom d'Hortus Medicus, il servait à l'origine de pharmacie vivante : les médecins et pharmaciens y suivaient leur formation et y passaient leurs examens, à une époque où les extraits botaniques constituaient le principal traitement des maladies.
Dès la fin du XVIIe siècle, les traders de la VOC (Compagnie des Indes orientales néerlandaises) enrichissent la collection de plantes exotiques ramenées des colonies.
Parmi elles, un unique caféier Coffea arabica dont les graines fourniront la base du commerce du café en Amérique centrale et du Sud, et des palmiers à huile introduits depuis l'île Maurice. Des plantes qui ont changé l'histoire mondiale sont nées ici.
En 1682, le jardin est déplacé à son emplacement actuel dans le quartier Plantage. Les bâtiments emblématiques s'y succèdent : l'Orangerie (1875), la Palmenkas (1912) et le laboratoire Hugo de Vries (1915), tous deux de style expressionniste de l'École d'Amsterdam. Le directeur Hugo de Vries (1885-1918) apportera au jardin une reconnaissance internationale.
En 1987, l'Université d'Amsterdam cessa brutalement de financer le Hortus, qui faillit fermer. Un réseau de donateurs individuels le sauva, et le jardin est depuis soutenu par la ville d'Amsterdam.
Aujourd'hui géré comme une fondation indépendante, il tire plus de 85 % de ses revenus de ses visiteurs.